Tras la reanudación de las obras de restauración de la Parroquia y su conclusión definitiva, el viernes 1 de diciembre del año 2000 se efectuó el solemne traslado procesional en andas de las Sagradas Imágenes desde la Iglesia de San Martín hasta el templo parroquial, en un ambiente de devoción y recogimiento, siendo de gran emoción la entrada en la sede canónica de la Hermandad después de once años en el exilio, pero con el recuerdo imborrable de la generosa acogida y convivencia durante todo este tiempo de la Hermandad de la Sagrada Lanzada. El domingo 3 de diciembre tuvo lugar el Solemne Pontifical de Dedicación del Templo y reapertura al culto, presidido por el Arzobispo Fray Carlos Amigo Vallejo, tras el que volvió la actividad cotidiana a nuestra querida Parroquia y la Hermandad comenzó a recuperar paulatinamente su actividad en su sede canónica.

En octubre de 2001 se le impuso a N.H.D. Manuel Otero Luna, Hermano Mayor entre 1970-1976 la tercera Medalla de Oro de la Hermandad. El Viernes de Dolores 22 de marzo de 2002 se vivió otro emotivo momento como fue el traslado de los restos mortales del escultor-imaginero D Luis Ortega Bru, autor de nuestro misterio procesional, a la cripta situada bajo la capilla de nuestros Sagrados Titulares, como era un antiguo anhelo de la Hermandad.

Bajo el mandato como Hermano Mayor de D. Diego Naranjo Páez se efectuó la adecuación de la Capilla de la Hermandad, con la instalación de un altar para las imágenes del Santísimo Cristo de la Caridad junto a José de Arimatea y Nicodemo, y a ambos lados en sendos cuerpos las de Nuestra Señora de las Penas y Santa Marta; el estreno de una corona de plata sobredorada para Nuestra Señora de las Penas, obra de Joaquín Ossorio y donada por un grupo de hermanos (2003), y la importante y acertada restauración de la imagen de Nuestra Señora de las Penas a cargo de D. Pedro Manzano Beltrán en 2004.

Por último, como hechos de la historia más reciente, y siendo Hermano Mayor D. Juan Ramón Cuerda Retamero, en 2007 se conmemoró el XXV aniversario de la fusión de la Hermandad Sacramental de San Andrés con la Hermandad de Santa Marta, con un Triduo Eucarístico extraordinario y una Convivencia de HH. Sacramentales, que revistieron gran solemnidad y participación de hermanos. Asimismo se celebró el cincuentenario de la imagen de Nuestra Señora de las Penas con una solemne celebración religiosa el 1 de abril de 2008.