El 6 de diciembre de 1989 se desprendió una viga de la techumbre de San Andrés, lo que provocó el cierre del templo parroquial. Ante la imposibilidad de celebrar los cultos y estación de penitencia desde la sede canónica, se acordó trasladar las imágenes titulares a la cercana iglesia de San Martín, sede de la Hermandad de la Sagrada Lanzada, lo que se efectuó el viernes 23 de febrero de 1990, instalándolas en la Capilla de la Santa Espina.
Ante la falta de espacio para desarrollar la vida de la Hermandad, el 14 noviembre de 1991 se adquiere el inmueble nº 17 de la calle Daoiz para convertirlo en futura Casa de Hermandad.
En octubre de 1993 asume el cargo de Hermano Mayor D. José Luis López Naranjo, teniendo como principal objetivo de su mandato su construcción, así como el seguimiento de las obras de restauración de San Andrés, que comenzaban a demorarse más de lo inicialmente previsto y sufrirían diversos avatares.
Tras importantes esfuerzos económicos, en noviembre de 1994 con el derribo del edificio ruinoso, comenzó la edificación de la Casa-Hermandad de nueva planta según proyecto del hermano y arquitecto D. Juan Ramón Cuerda Retamero, siendo felizmente inaugurada el 27 de octubre de 1996 a la finalización de los cultos en honor a Santa Marta.
En diciembre de 1996 tomó posesión como Hermano Mayor D. Engelberto Salazar Martínez. En su mandato, además de numerosas gestiones para agilizar la reapertura de San Andrés, se ha afrontó una profunda restauración de las imágenes secundarias del misterio procesional a cargo del taller Serbal, desarrollada entre 1997 y 1999, así como las restauraciones de los paños de bocinas y Realeza de María.
Desde julio de 1998 hasta septiembre de 1999 la Hermandad conmemoró su cincuentenario fundacional, que fue clausurado el 26 de septiembre de 1999 con un solemne pontifical presidido por el Arzobispo de Sevilla fray Carlos Amigo Vallejo. En dicho acto se le entregó la segunda Medalla de Oro a la Cofradía de la Sagrada Lanzada, como testimonio de perenne gratitud por la acogida en su templo desde el cierre de la Parroquia de San Andrés.